У себя на моторе тоже делаю ЭБУ и инжектор. Так как во времени ограничен, всё на Ардуине, и зажигание и дозация топлива. Пока Атмега подводила только один раз на электромобиле, когда отказалась запускаться в -28, а так перегорало всё что угодно кроме Атмеги. Высоковольтные генераторы на ней делал, от помех помогало обернуть плату фольгой в несколько слоёв и подключить к затвору электролит через закрытый диод, чтобы наведённые через ёмкость транзистора и провод помехи не влияли сильно на сигнал.
Дублирование для надёжности планирую обеспечить мотоблочным магнитто на дополнительную свечу, либо ту же, но через диод. Если микропроцессорное зажигание накроется, то останется искра без опережения и большая часть мощности двигателя.
Но с инжектором то как быть? Наверно как предлагали выше ставить 2-3 микропроцессора и помимо всего прочего термостатировать блок, так как на больших высотах и -50 может запросто быть, и поместить в железную коробочку чтобы и электрическое и магнитное поле вовнутрь не проникали. Только вот как ещё обезопасить проводку от действия средств радиоэлектронной борьбы? Не думайте, они не только у военных бывают, может найтись придурок с магнетроном от микроволновки возле взлётной полосы перед ЛЭП и привет(это как пример, а так же гроза, магнитные бури, НЛО и прочее).